Förutom att hämma tillväxten och reproduktionen av mikroorganismer har vakuumdeoxygenering en annan viktig funktion för att förhindra livsmedelsoxidation. Eftersom fet mat innehåller mycket omättade fettsyror oxideras den genom inverkan av syre, vilket gör att maten smakar illa och blir bortskämd. Dessutom orsakar oxidation även förlusten av vitamin A och vitamin C, och de instabila ämnena i matfärgen påverkas av syre för att göra färgen mörkare. Därför kan deoxygenering effektivt förhindra att mat förstörs och behålla dess färg, arom, smak och näringsvärde.